一九七五年在南通县政府的大力支持下，由政府投资40万元，县商业局主管筹建金沙自来水厂，经过一年多时间的建设，于1976年10月1日正式对外供水，水源为地下水，建设了两口深水井，日产量3000吨，投产后，即成立南通县金沙自来水厂，办公地址在建设路42号，性质为县属大集体，隶属县商业局主管。
自从两口深井供水以来，对解决金沙地区生产、生活用水起到了一定的作用，但由于金沙地下水层薄，含水量不充沛，地下水位不断下降，同时为了更好地满足金沙地区的生产、生活用水。当时的南通县委、县政府决定修建地面水厂，1979年年初，经多方筹措资金20万元，在金沙竖石河东岸（现自来水公司）新建第一座日产5000吨的地面水厂，经过一年多时间的建设，于1980年7月建成通水，同时封停两口深水井。
　　1981年6月，南通县金沙自来水厂由县商业局主管移交给财政局主管。1981年11月，南通县金沙自来水厂更名为南通县自来水厂。1982年8月，开始进行地面水（二期）1万吨水池的扩建工程，总投资24万元，于1984年9月竣工投产。同年4月，南通县金沙自来水厂由财政局移交给城乡建设环境保护局主管。1985年2月，经上级批准成立南通县自来水公司。
　　1988年完成第三座2.5万吨水池的建设。1993年吸水口南迁至九华山。1995年自来水公司在碧堂庙村制水工厂处扩展。扩建了综合办公楼、化验楼、校表楼。1997年7月正式搬入金通路18号现在的办公地址。同年第四座3万吨水池竣工通水，至此自来水公司日供水能力达到7.5万吨。
　　进入新千年，随着工业化进程的加快，境内河道水质污染日益严重，2001年，在当时通州市委、市政府大力支持下，完成了以置换城区水源为目标的通如引江供水工程。
　　随着人们生活条件的不断提高，乡镇通上长江水的呼声日益高涨，每年人大、政协都有多份提案，要求解决农村饮用水这一民生问题，从2003年开始，自来水公司作为建设单位，每年抽调几十名干部职工，投入到区域供水全覆盖工程建设当中，2003至2006四年时间完成了南上北下工程；2007年完成西线工程、东线工程； 2008年在东线工程的基础上完成了十总、二爻、金余、金乐、三余、五甲、滨海工业园区6处接水工程，同年还完成了三余增压泵站的建设，水厂1万吨清水池的建设；2009年，完成扩面工程的二爻线、骑岸线、纱场线、东社线、二甲线、余北线、英雄线的建设，公司又单独组织实施了通州专线工程，该工程实施后，可以为通州增加10万吨/日的供水能力；2010年，完成扩面工程的刘平线，忠义、余北、金浩复线，同海门、启东合资共建了区域供水通吕线，通吕线供水规模22万吨/日，其中通州分配的水量为5万吨/日。截止到2010年底，通州全区的长江水供水管网已覆盖到除五接镇以外的18个镇。